La tensione da considerare è quella che ti ritrovi dopo il raddrizzamento e il filtraggio, non il valore di alternata dai secondari.
Dici bene e se metti il C parallelo alla Rset realizzi un soft start( vedi datasheet )+Diodo .2. sempre sul datasheet LT consiglia di mettere in parallelo alla R di Set anche un condensatore da 10pF minimo per diminuire eventuali disturbi che si possono insinuare nell'LT3080 se la C out scende troppo. Voi, non avete messo questo condensatore perche' tanto abbiamo in uscita un 2.2uF minimo e poi anche un elettrolitico in parallelo?
(ovviamente con la C in parallelo alla resistenza di set, si allungherebbero i tempi di start-up del circuito)
Magari scopri che lo fai benissimograzie... mamma mia sono 20anni che non ragionavo piu' sui circuiti... e dire che di ore sui libri all'universita' ne ho passate tante (non nei lab purtroppo...)... :-(((