In realtà musicbrainz ha una numerazione progressiva (stile un ID) ed una 'descrittiva' che è come dici, ma puà essere anche molto più complicata: Vol 1 <title>, Disc 1 <title>, Side A, Track 1 e questo non è un problema (usando i relativi tag) ed è sostanzialmente indipendente da come archivi i files (sempre se valorizzi correttamente i tag), ma forse tu ti riferisci a Picard, che è una 'restrizione' rispetto a Musicbrainz ed infatti non funciona con i .cue...
Sono un po' fissato, ma tenete presente che faccio tutto questo solo perchè non riesco ad usare Picard od altro, altrimenti gli strumenti per i file singoli ci sono già!