Se ho capito bene, riesci a formattare il disco e mettere il boot su di esso, ma quando riavvii il disco non viene letto. E' così?!
Hai provato ad effettuare la partizione su un altro PC?
Il disco di installazione è originale o perfettamente integro?
In generale, proverei a togliere tutte le componenti parallele (CD, MB,..) cambiando PC e restringere gradualmente l'analisi sul solo hard disk.
In bocca al lupo!