ripeto, questa è una circostanza nota da tempo, e non c'era bisogno di andare tanto lontano per trovare una soluzione di quel tipo:
http://www.nexthardware.com/forum/periferiche-di-memorizzazione/77062-ho-6-slot-sata-ii-e-ne-riconosce-solo-4-bios-e-gestione-disco-su-mb-supermicro-x7dae.html#post846816
Il problema che sta capitando al tuo VelociRaptor il quale non ne vuol sapere (stando a quanto dici) di funzionare in modalità AHCI (neanche a Siscoregna a quanto sembra), è di altra natura.
Tutti i Raptor e VelociRaptor sono compatibili con la modalità AHCI, ma il tuo fa parte di una coppia fatta funzionare in precedenza in modalità RAID su controller Intel integrato nel chipset X58 (ICH10/R) della tua EVGA Classified 3.
Per proprie finalità funzionali, al momento del partizionamento iniziale in RAID, sono state fatte automaticamente delle modifiche al MBR e alla tabella delle partizioni di entrambi i VR.
Il Velociraptor ancora funzionante, che stai utilizzando, presenta ancora questa particolare configurazione, la quale ritengo sia la causa che pregiudichi il suo funzionamento in modalità singola, AHCI (anche la modalità Intel RAID è in verità una particolare modalità AHCI).
Se è come credo, dovresti risolvere così:
scarica la ISO di GParted Live e da questa crea quindi un cd di avvio.
Spegni il pc, togli il nuovo SSD e lascia connesso solo il VelociRaptor.
Avvia, entra nel Bios e verifica che la modalità usata sia AHCI, salva e riavvia con il cd di GParted appena creato.
Una volta nella finestra operativa dell'editor delle partizioni, provvedi ad eliminare completamente tutte le partizioni che troverai sul Velociraptor; salva ed esci, spegnando il pc.
A questo punto riconnetti il SSD, riavvia bootando da questo e procedi con il partizionamento e la formattazione del VR.
Vedrai che con ogni probabilità il tuo VR riprenderà a funzionare regolarmente anche in modalità AHCI.