sempre ammesso (e non concesso) che alle differenze percepite corrispondano anche differenze fisiche sul suono (ri)prodotto, hai verificato che non siano proprio quelli - gli aggiornamenti del SO - e non la diversa versione di NAD a produrre le differenze che percepisci?
Cioè, hai provato a far girare entrambe le versioni di NAD sul medesimo SO aggiornato?
Se differenze fisiche ci sono, è più probabile che siano causate dalle modifiche al SO (che magari potrebbero riguardare anche elementi "sensibili") piuttosto che le modifiche irrilevanti apportate alla nuova versione di NAD.
Altra possibilità è che la nuova versione di NAD sia stata prodotta utilizzando una versione del compilatore e/o di una o più librerie diverse da quelle impiegate per produrre la versione precedente e che sia questo (e non le modifiche irrilevanti al codice sorgente di NAD) ad aver prodotto qualche differenza in qualche modo significativa a livello di codice macchina.
Anche eventuali differenze nelle opzioni di compilazione tra un build e l'altro potrebbero aver prodotto differenze significative a livello di binario.