Sei sicuro di quello che hai scritto?
Il connettore ATX12V1 è quello che fornisce energia al processore, se lo disconnetti non può continuare a funzionare regolarmente.
Hai detto di aver sostituito la ventola. Intendevi tutto il dissipatore del processore o soltanto la ventola?
In ultimo posso dirti che se necessitassi di cambiare la scheda madre molto probabilmente dovresti cercare un buon usato, oppure in un negozietto di informatica che lavora molto poco ed ha le confezioni dei prodotti in vetrina che sono sbiadite per la luce che hanno preso da anni.