sì, solito motivo: se si vogliono seguire gli standard ed evitare possibili problemi il contenuto del file system "/usr" (eccetto /usr/local) dovrebbe essere gestito esclusivamente dal package manager. Il software installato manualmente dall'utente dovrebbe andare per l'appunto proprio sotto /usr/local, mentre in "/var" (che sta per "VARiable data") di norma ci vanno i dati "variabili" delle varie applicazioni...
http://en.wikipedia.org/wiki/Filesys...archy_Standard