no, non ha alcuna importanza. Quando lo installi il package manager (dpkg) provvede a mettere i vari files dove devono stare, eseguire gli script pre- e post- installazione inclusi nel pacchetto, ecc.
quale?
hai verificato che abbia effettivamente caricato il kernel nuovo e non quello vecchio?
controlla anche se ha caricato il modulo...
BTW, a questo punto forse è meglio se anziché limitarti a sostituire il kernel metti tutta la distribuzione:
https://romanrm.net/a10/debian
seguendo le loro istruzioni...