Sì, infatti.
E' sempre necessario smontare correttamente le partizioni (sotto win "rimozione sicura") indipendentemente che siano win o linux.

ntfs-3g, il driver per la scrittura su NTFS sotto linux, impedisce di montare le partizioni se non risultano correttamente smontate dopo l'ultimo utilizzo, per evitare danneggiamenti al filesystem data la natura "closed" di NTFS.
Credo che ormai sia mantenuta più come precauzione che per effettiva necessità, non mi ha mai fallito una scrittura...