Aiuto per build PC adatta al molecular modeling

[Q-tony]

Salve, ho bisogno di costruire un computer Linux per la ricerca accademica che esegua software per l'aggancio di proteine, simulazioni di dinamica molecolare (MD) e calcoli di energia libera come Schrödinger Maestro, GOLD - Protein Ligand Docking Software e, AMBER16, anche come visualizzare strutture molecolari 3D utilizzando software come Visual Molecular Dynamics - VMD. Ho intenzione di installare sistema operativo CentOS o Ubuntu. Ho difficoltà a decidere quali parti acquistare poiché questa è la prima volta che costruisco un PC e alcuni dei termini che mi sono imbattuto non mi sono familiari. Apprezzerei tutto l'aiuto che posso ottenere per trovare parti adatte!

Da quello che ho letto sui siti Web del software, penso che il PC debba supportare sia CUDA che OpenGL. Ho bisogno di SSD , oltre a un'unità CD-ROM e 64 GB di RAM o più e molto spazio di archiviazione. Il mio budget è di circa 5000€

Ho incollato di seguito i requisiti per i software di cui ho bisogno copiati dai loro siti Web:
Maestro: ( https://www.schrodinger.com/kb/1460 ; https://www.schrodinger.com/supportedplatforms/ ; https:/ /www.schrodinger.com/desmond#block-3767 )
-La scheda grafica deve supportare OpenGL 2.1 o versioni successive.
- "Raccomandiamo vivamente di eseguire Maestro utilizzando una scheda grafica discreta per prestazioni ottimali, sebbene alcune schede grafiche integrate mostrino prestazioni accettabili. Il nostro software è stato testato in modo più affidabile su più generazioni di schede grafiche NVidia."

"I requisiti hardware minimi sono:
Processore compatibile x86_64
4 GB di memoria per core
18 GB di spazio su disco per l'installazione del software; 400-500 GB se sono installati anche database (PDB, BLAST, ecc.).
Scheda di rete con interfaccia di rete configurata
Colore a 16 bit (per Maestro)
Si consiglia vivamente di disporre anche del seguente hardware:
60 GB di spazio minimo su disco di memoria virtuale per l'esecuzione dei lavori
Scheda grafica che supporta OpenGL con accelerazione hardware con 1 GB di memoria integrata e un driver grafico aggiornato fornito dal fornitore.
Monitor con una frequenza di aggiornamento di 60 Hz o più e risoluzione 1280x1024.
Per utilizzare Desmond, è necessario disporre di una scheda grafica Nvidia supportata su una macchina Linux ."

"L'elenco seguente fornisce alcune linee guida e consigli per la scelta dell'hardware oltre ai requisiti sopra elencati.
Più CPU. La maggior parte dei lavori può essere distribuita su più processori, quindi si consiglia l'uso di una CPU multi-core o di un cluster di CPU, dotato di un sistema di accodamento, per aumentare il throughput.
Si consiglia una cache della CPU più grande , soprattutto per i lavori che elaborano grandi quantità di dati, come Jaguar e QSite. Aumentare la dimensione della cache L2 o L3 per questi lavori è più importante di un piccolo aumento della velocità della CPU.
Un accesso più rapido al disco locale è importante per i lavori che leggono molti dati. Ad esempio, l'utilizzo di SSD, un disco con una velocità maggiore (ad es. 10000 rpm) o un array di dischi che utilizza più controller e striping può essere vantaggioso. Le ricerche nel database della fase distribuita sono particolarmente limitate dalla contesa per l'accesso al disco. Anche i lavori Jaguar e QSite eseguono molte operazioni di I/O, quindi è importante un accesso più rapido al disco. I dischi locali sono preferiti rispetto ai dischi in rete per l'archiviazione temporanea (o per i dati utilizzati spesso) perché i dischi in rete sono interessati dall'accesso alla rete, dalla larghezza di banda e dal traffico di rete.
Raffreddamento e alimentazione adeguati. Laptop o notebook di solito non sono una buona scelta per lavori di grandi dimensioni perché il raffreddamento e l'alimentazione possono essere inadeguati. Se esegui lavori per molto tempo, dovresti prendere in considerazione un alimentatore con backup, in caso di interruzioni".
GOLD: ( https://www.ccdc.cam.ac.uk/support-....1-b21e84299e81 )
I requisiti minimi sono
Spazio su disco:
-CSD-System software e dati, 17 GB (3 GB software, 14 GB dati)
-CSD-CrossMiner software e dati, 6 GB (300 MB software, 5,7 GB dati) -RAM minima
consigliata: 8 GB
-Scheda grafica e driver che supportano OpenGL versione 2
-I driver grafici in uso dovrebbero supportare OpenGL 2.1."

"Specifica consigliata per CPU dalle prestazioni migliorate
: migliora qualsiasi aspetto del software che esegue i calcoli, ad esempio un docking GOLD
Velocità di accesso al disco: il maggiore aumento delle prestazioni si verificherà in qualsiasi aspetto del software che richiede l'accesso a file di dati di grandi dimensioni, come le ricerche nel database ConQuest
RAM: l'aumento della RAM oltre 8 GB aiuterà quando si esaminano set di dati di grandi dimensioni o strutture complesse di grandi dimensioni, oppure quando si utilizzano più programmi CSD-System contemporaneamente
GPU: una moderna scheda grafica GPU dedicata, come quelle disponibili da NVidia o AMD, migliorerà le prestazioni durante la visualizzazione di grandi strutture complesse o diagrammi di imballaggio di grandi dimensioni"

AMBRA : ( https:/ /ambermd.org/gpus/recommended_hardware.htm ; https://ambermd.org/gpus16/index.htm )

"L'ultima versione, AMBER 16, funziona fino a 15 volte più velocemente su GPU NVIDIA su sistemi solo CPU*, consentendo agli utenti di eseguire simulazioni biomolecolari in poche ore anziché in giorni".
"PMEMD con accelerazione GPU è stato implementato utilizzando CUDA e quindi al momento funzionerà solo su GPU NVIDIA, anche se stiamo lavorando per supportare le GPU AMD".

"Workstation di livello medio certificata AMBER:
• 2x CPU Intel Xeon E5-2620 v4
• Da 2 a 4 x NVIDIA GTX 1080TI, Titan-X [Pascal] o K40/K80/M40/M60/P40//P100/V100
• 64 GB memoria di sistema
• Workstation entry-level certificata CentOS 6 o 7

AMBER:
• 1x CPU Intel Core i7-4930K
• 1 o 2 GPU NVIDIA GTX 1080TI o 1070
• 32 GB di memoria di sistema • VMD
CentOS 6 o 7" : (

Computational Biophysics Workshop - Laptop Requirements - Pittsburgh, Jun. 10-14, 2013 )
"La modalità di VMD con funzionalità grafiche complete è la più impegnativa e richiede un acceleratore grafico con capacità OpenGL con -data driver."
"VMD fa pieno uso di processori multi-core e GPU multiple per l'accelerazione delle attività di visualizzazione e analisi più impegnative dal punto di vista computazionale. Le CPU multi-core accelerano le funzionalità tra cui la dinamica molecolare interattiva, la determinazione del legame, la selezione di atomi "dentro" e i derivati, i cosiddetti snellire o visualizzare le linee di campo, funzioni di distribuzione radiale e rendering di alta qualità utilizzando i motori di ray tracing Tachyon e OSPRay integrati. VMD supporta anche l'accelerazione GPU tramite CUDA e sfrutta sia le CPU multi-core che le GPU per l'accelerazione dell'elettrostatica (ad es. "volmap coulomb" e "volmap coulombmsm"), campionamento di ligandi impliciti (cioè "volmap ils"), calcolo delle funzioni di distribuzione radiale, calcolo della correlazione incrociata della qualità dell'adattamento per metodi di adattamento ibridi, analisi di raggruppamento di traiettorie,e calcolo e rendering di orbitali molecolari e superfici molecolari, le ultime versioni di VMD incorporano anche un batch accelerato da GPU e versioni interattive del motore di ray tracing Tachyon basato su NVIDIA OptiX e CUDA."

"Requisiti minimi per Linux:
Sistema operativo: qualsiasi distribuzione Linux affidabile rilasciata negli ultimi tre anni.
Memoria: 512 MB di RAM
Processore: CPU Pentium 4 2,4 Ghz (o comparabile)
Scheda grafica: nVidia Geforce Ti4600 o equivalente"

Grazie mille per aver letto questo! Apprezzo tutto l'aiuto che posso ottenere!
Antonio

[frakka]

Oh, che bella build!!!

Più tardi, se la bimba mi lascia, leggo per bene.

[Q-tony]

Grazie mille, te ne sono grato!

[frakka]

Ciao.
Per quanto riguarda il sistema operativo, io uso abitualmente RedHat-based per lavoro e mi sento quindi di sconsigliarti CentOS: non perchè abbia qualcosa di male, anzi. Ma il recente cambio di politica di RedHat ne ha fatto un sistema operativo poco adatto all'uso di produzione. Inoltre è difficile trovare una sistema "certificato" CentOS proprio per la natura "Community" del progetto. RedHat contestualmente ha modificato i termini delle sua licenza "developer" per consentirne l'uso su fino a 16 sistemi per utente, anche a scopo produzione. Inoltre è sicuramente più facile trovare una workstation certificata per RedHat che non per CentOS.
Sulla versione, dipende dai requisiti di compatibilità dei tuoi software: Se non è un problema, la 9 appena uscita è sicuramente quella che ti da più longevità, mentre la 8.6 (anche questa appena rilasciata) rende più probabile trovare una hardware certificato.
Ubuntu non lo uso più da almeno 10 anni quindi non mi esprimo.


Purtroppo sull'hardware non sono più aggiornato come una volta ma mi sento di fare queste considerazioni generali:

• La linea Threadripper di AMD è quanto di meglio puoi trovare adesso sul mercato per usi professionali senza andare su piattaforme server. Da possessore di un Threadripper 2990X ti posso dire che dà veramente gusto.
• La VGA è sempre stata croce (e poca delizia) di chi si trovava a lavorare su sistemi Linux. Fino a pochi anni fa mi sono sempre trovato benissimo con VGA nVidia ed i loro driver proprietari mentre le schede ATI/AMD erano un calvario comunque le guardassi. Stando a quello che ho sentito qualche giorno fa da un altro amico linuxaro, la situazione adesso è invertita: i driver AMD funzionano piuttosto bene e quelli di nVidia decisamente male. Ti consiglio, definita la piattaforma, di verificare per bene.
  Nel tuo caso, però, trattandosi di una piattaforma professionale e non per uso gaming, i problemi dovrebbero essere un po' più mitigati orientandoti su hardware magari meno potente ma "pro" o su una piattaforma certificata.
• Se devi supportare CUDA allora la scelta nVidia è obbligata, dato che si tratta di una tecnologia proprietaria di nVidia. So che c'è un progetto open lanciato da AMD per la conversione del codice CUDA per renderlo compatibile con openCL (che non è "openGL" ma la tecnologia AMD delle istruzioni per il supercalcolo GPU-based) ma non so quanto mi arrischierei su una macchina del genere. OpenGL invece è una tecnologia "open" ed è supportata da entrambi i brand.
• Storage: SSD NVME per il sistema operativo senza pensarci due volte. Se usare un RAID1 o meno dipende da quanto sono importante è la continuità operativa della piattaforma (es: dovrà macinare h24 per giorni senza interruzioni o se destinata ad un uso laboratorio). Puoi usare SSD nvme meno costosi per l'archiviazione o addirittura optare per SSD SATA, dipende dalla quantità di spazio che devi gestire. Per il sistema operativo 512Gb sono più che sufficienti, per lo storage dipende dai dati che devi caricare.
  EDIT: Ho letto i requisti di Schrödinger... Ok, vai con lo SSD NvME da 1Tb.
• Unità cd-rom... Eh, adesso il problema è trovare dei case con lo slot da 5.1/4!! Male che vada, via di USB...
• L'hardware consumer assemblato ti permette di reperire con maggiore semplicità hardware di ricambio (un disco o un banco di ram), una piattaforma certificata di solito richiede un contratto di supporto con il fornitore e segue i tempi dello SLA contrattualizzato, che deve quindi essere messo a budget.

Per la scelta della VGA, vedo che Schrödinger riporta sia "NVIDIA Server/HPC solutions" che "NVIDIA Workstation solutions": Detto chiaramente: Con quello che costano le soluzione HPC nel budget non ci stai. Penso quindi che convenga scegliere una soluzione "Workstation". La linea consumer, purtroppo, non è supportata quindi le schede "GeForce GTX" temo siano fuori gioco (peccato perchè per "AMBER", "GOLD" e gli altri software sembravano andare bene lo stesso, questo avrebbe abbattuto il budget di un bel pò).
Il problema è che, vedendo il listino di "Exxact" che linkano sul sito di Schrödinger, una soluzione "certificata" è fuori budget, anche in versione entry-level.

Direi che il software più stringente come requisiti è Schrödinger, GOLD è relativamente "easy" come requisiti. Anche "Amber" non sembra avere particolari requisiti, se non il fatto che la versione 18 di fatto cita solo soluzione nVidia.
Invece i software citati nell'ultimo link, quello dell'università dell'Illinois, non sembrano aver nessun requisito particolare salvo il fatto che alcune funzionalità sembrano essere riservate a piattaforme dotate di Xeon Phi che era una scheda acceleratrice che da sola costava tipo 2500$ prezzo consigliato Intel, e comunque è "discontinued". Anche per questi software, però, le ultime versioni trattano soprattutto "CUDA".

Direi quindi che il brand della VGA è vincolato.

Quello che rimane da capire è:

1. La build è destinata ad un'azienda o ad un privato? Intendo: il budget è IVA compresa +IVA?
2. Accessori (monitor, tastiera, mouse) hai tutto?
3. Formato rack o tower?

[frakka]

Ho fatto qualche ricerca veloce sul sito di Dell e una workstation che potrebbe sforare di poco il budget (già ivato) è la "Precision 5820 Tower"

Intel® Xeon® W-2235 (6c/12t)
Nvidia RTX A5000, 24 GB, 4DP (Precision 7920T, 7820, 5820)
32 GB, 2 x 16 GB, DDR4, 2933 MHz, ECC
Unità a stato solido PCIe NVMe M.2 da 512 GB, classe 40

Togliendo la licenza di Windows e seleziona Ubuntu come OS (anche se poi decidi per la RedHat, così costa meno!) si può aggiungere un NVME da 1Tb ma non aumentare la RAM che rimane a 32Gb. Comprende però una Nvidia RTX A5000. Con questa sei nell'intorno dei 5000€. Considera che la VGA da sola costa come metà della macchina intera e, tra quelle elencate da Schrödinger, è una delle più economiche anche se non la meno costosa.

Ho provato a mettere insieme su Amazon una configurazione alternativa, solo per fare il confronto tra una soluzione commerciale ed una "custom" (ma che, assolutamente, non ti consiglio di assemblare da solo visto il costo dei componenti se non hai nessuna esperienza in merito!). Non ti riporto gli articoli esatti perchè l'ho fatta in fretta, a spanne, e sarebbe da rivedere:

Alimentatore 1000W Seasonic GX-1000 circa 200€
Case ATX di medie dimensioni, di buona qualità. Verificare la compatibilità con scheda madre, dissipatore e lettore DVD! circa 150/200€
Scheda madre TRx40 circa 550€
AMD Ryzen Threadripper 3960x (24c/48t) 1800€
Dissipatore Noctua NH-U14S TR4-SP3, + Ventola aggiuntiva 100€
Kit di memoria RAM Corsair, C16 3200MHz DRAM DDR4 da 128GB (4 x 32GB) € 650
Sabrent SSD Interno 1TB Rocket NVMe PCIe 4.0 M.2 2280 (SB-ROCKET-NVMe4-1TB per partizione root) 150€
SSD NVME interno 2Tb "basse prestazioni (per storage)" 200€
NVIDIA RTX A4000 16GB 1100€

Una macchina del genere, a carrello, mi veniva 4930€ ivata, a cui sarebbero da aggiungere tastiera/mouse/monitor. Però decisamente è un macchina molto diversa dalla Dell vista in precedenza.

Considera che la scheda Nvidia RTX A5000 costa circa 3000€ mentre la A4000 che ho messo qui sono circa 1100€ ed il Threadripper ne costa 1800€... Questo per dire che lavorando su questi due componenti si può modificare moltissimo la configurazione. Se vuoi assolutamente mantenere la A5000 si può costruire la configurazione attorno a quella e probabilmente si riesce a rimanere lo stesso all'interno del budget, con qualche compromesso.

[Q-tony]

Ciao.
Per quanto riguarda il sistema operativo, io uso abitualmente RedHat-based per lavoro e mi sento quindi di sconsigliarti CentOS: non perchè abbia qualcosa di male, anzi. Ma il recente cambio di politica di RedHat ne ha fatto un sistema operativo poco adatto all'uso di produzione. Inoltre è difficile trovare una sistema "certificato" CentOS proprio per la natura "Community" del progetto. RedHat contestualmente ha modificato i termini delle sua licenza "developer" per consentirne l'uso su fino a 16 sistemi per utente, anche a scopo produzione. Inoltre è sicuramente più facile trovare una workstation certificata per RedHat che non per CentOS.
Sulla versione, dipende dai requisiti di compatibilità dei tuoi software: Se non è un problema, la 9 appena uscita è sicuramente quella che ti da più longevità, mentre la 8.6 (anche questa appena rilasciata) rende più probabile trovare una hardware certificato.
Ubuntu non lo uso più da almeno 10 anni quindi non mi esprimo.


Purtroppo sull'hardware non sono più aggiornato come una volta ma mi sento di fare queste considerazioni generali:

• La linea Threadripper di AMD è quanto di meglio puoi trovare adesso sul mercato per usi professionali senza andare su piattaforme server. Da possessore di un Threadripper 2990X ti posso dire che dà veramente gusto.
• La VGA è sempre stata croce (e poca delizia) di chi si trovava a lavorare su sistemi Linux. Fino a pochi anni fa mi sono sempre trovato benissimo con VGA nVidia ed i loro driver proprietari mentre le schede ATI/AMD erano un calvario comunque le guardassi. Stando a quello che ho sentito qualche giorno fa da un altro amico linuxaro, la situazione adesso è invertita: i driver AMD funzionano piuttosto bene e quelli di nVidia decisamente male. Ti consiglio, definita la piattaforma, di verificare per bene.
  Nel tuo caso, però, trattandosi di una piattaforma professionale e non per uso gaming, i problemi dovrebbero essere un po' più mitigati orientandoti su hardware magari meno potente ma "pro" o su una piattaforma certificata.
• Se devi supportare CUDA allora la scelta nVidia è obbligata, dato che si tratta di una tecnologia proprietaria di nVidia. So che c'è un progetto open lanciato da AMD per la conversione del codice CUDA per renderlo compatibile con openCL (che non è "openGL" ma la tecnologia AMD delle istruzioni per il supercalcolo GPU-based) ma non so quanto mi arrischierei su una macchina del genere. OpenGL invece è una tecnologia "open" ed è supportata da entrambi i brand.
• Storage: SSD NVME per il sistema operativo senza pensarci due volte. Se usare un RAID1 o meno dipende da quanto sono importante è la continuità operativa della piattaforma (es: dovrà macinare h24 per giorni senza interruzioni o se destinata ad un uso laboratorio). Puoi usare SSD nvme meno costosi per l'archiviazione o addirittura optare per SSD SATA, dipende dalla quantità di spazio che devi gestire. Per il sistema operativo 512Gb sono più che sufficienti, per lo storage dipende dai dati che devi caricare.
  EDIT: Ho letto i requisti di Schrödinger... Ok, vai con lo SSD NvME da 1Tb.
• Unità cd-rom... Eh, adesso il problema è trovare dei case con lo slot da 5.1/4!! Male che vada, via di USB...
• L'hardware consumer assemblato ti permette di reperire con maggiore semplicità hardware di ricambio (un disco o un banco di ram), una piattaforma certificata di solito richiede un contratto di supporto con il fornitore e segue i tempi dello SLA contrattualizzato, che deve quindi essere messo a budget.

Per la scelta della VGA, vedo che Schrödinger riporta sia "NVIDIA Server/HPC solutions" che "NVIDIA Workstation solutions": Detto chiaramente: Con quello che costano le soluzione HPC nel budget non ci stai. Penso quindi che convenga scegliere una soluzione "Workstation". La linea consumer, purtroppo, non è supportata quindi le schede "GeForce GTX" temo siano fuori gioco (peccato perchè per "AMBER", "GOLD" e gli altri software sembravano andare bene lo stesso, questo avrebbe abbattuto il budget di un bel pò).
Il problema è che, vedendo il listino di "Exxact" che linkano sul sito di Schrödinger, una soluzione "certificata" è fuori budget, anche in versione entry-level.

Direi che il software più stringente come requisiti è Schrödinger, GOLD è relativamente "easy" come requisiti. Anche "Amber" non sembra avere particolari requisiti, se non il fatto che la versione 18 di fatto cita solo soluzione nVidia.
Invece i software citati nell'ultimo link, quello dell'università dell'Illinois, non sembrano aver nessun requisito particolare salvo il fatto che alcune funzionalità sembrano essere riservate a piattaforme dotate di Xeon Phi che era una scheda acceleratrice che da sola costava tipo 2500$ prezzo consigliato Intel, e comunque è "discontinued". Anche per questi software, però, le ultime versioni trattano soprattutto "CUDA".

Direi quindi che il brand della VGA è vincolato.

Quello che rimane da capire è:

1. La build è destinata ad un'azienda o ad un privato? Intendo: il budget è IVA compresa +IVA?
2. Accessori (monitor, tastiera, mouse) hai tutto?
3. Formato rack o tower?

Innanzitutto grazie mille davvero, ti rispondo su qualche punto , purtroppo non sono molto ferrato sulle build quindi qualcosa non mi è chiarissima:
-riguardo al lavoro, si dovrà macinare 24/24h
- per quanto riguarda le soluzioni VGA, tra hpc solutions e workstation quanto cambia secondo te?
- Per quanto riguarda le build certificate schrodinger è vero che sono più restrittive ma considera che fin'ora son riuscito a lavorare anche con un portatile e son riuscito comunque a far notare i miei lavori con un pò d'astuzia e farmi finanziare appunto per l'occasione( aggirando le dinamiche molecolari che sfruttano principalmente il supercalcolo su vga, io ho fatto delle simulazioni metadinamiche di circa 10 nanosecondi e comunque ci mettevo giorni e giorni ...)
-Per quanto riguarda il finanziamento e l'iva non so esattamente come funziona quando si acquista a pezzi separati, so che finanzierà l'università ma non so se sarà nel pubblico o privato
- Gli altri componenti secondari credo di poterli recuperare anche fuori budget

Ancora grazie mille, ora mi leggo la build che suggerisci
Antonio

[virgolanera]

Ciao, qualora tu optassi per la build custom ti posso consigliare come case il Phanteks Enthoo Pro, per le workstation mi sembra perfetto.

[Q-tony]

Ho fatto qualche ricerca veloce sul sito di Dell e una workstation che potrebbe sforare di poco il budget (già ivato) è la "Precision 5820 Tower"

Intel® Xeon® W-2235 (6c/12t)
Nvidia RTX A5000, 24 GB, 4DP (Precision 7920T, 7820, 5820)
32 GB, 2 x 16 GB, DDR4, 2933 MHz, ECC
Unità a stato solido PCIe NVMe M.2 da 512 GB, classe 40

Togliendo la licenza di Windows e seleziona Ubuntu come OS (anche se poi decidi per la RedHat, così costa meno!) si può aggiungere un NVME da 1Tb ma non aumentare la RAM che rimane a 32Gb. Comprende però una Nvidia RTX A5000. Con questa sei nell'intorno dei 5000€. Considera che la VGA da sola costa come metà della macchina intera e, tra quelle elencate da Schrödinger, è una delle più economiche anche se non la meno costosa.

Ho provato a mettere insieme su Amazon una configurazione alternativa, solo per fare il confronto tra una soluzione commerciale ed una "custom" (ma che, assolutamente, non ti consiglio di assemblare da solo visto il costo dei componenti se non hai nessuna esperienza in merito!). Non ti riporto gli articoli esatti perchè l'ho fatta in fretta, a spanne, e sarebbe da rivedere:

Alimentatore 1000W Seasonic GX-1000 circa 200€
Case ATX di medie dimensioni, di buona qualità. Verificare la compatibilità con scheda madre, dissipatore e lettore DVD! circa 150/200€
Scheda madre TRx40 circa 550€
AMD Ryzen Threadripper 3960x (24c/48t) 1800€
Dissipatore Noctua NH-U14S TR4-SP3, + Ventola aggiuntiva 100€
Kit di memoria RAM Corsair, C16 3200MHz DRAM DDR4 da 128GB (4 x 32GB) € 650
Sabrent SSD Interno 1TB Rocket NVMe PCIe 4.0 M.2 2280 (SB-ROCKET-NVMe4-1TB per partizione root) 150€
SSD NVME interno 2Tb "basse prestazioni (per storage)" 200€
NVIDIA RTX A4000 16GB 1100€

Una macchina del genere, a carrello, mi veniva 4930€ ivata, a cui sarebbero da aggiungere tastiera/mouse/monitor. Però decisamente è un macchina molto diversa dalla Dell vista in precedenza.

Considera che la scheda Nvidia RTX A5000 costa circa 3000€ mentre la A4000 che ho messo qui sono circa 1100€ ed il Threadripper ne costa 1800€... Questo per dire che lavorando su questi due componenti si può modificare moltissimo la configurazione. Se vuoi assolutamente mantenere la A5000 si può costruire la configurazione attorno a quella e probabilmente si riesce a rimanere lo stesso all'interno del budget, con qualche compromesso.

Buonasera, ho letto quello che mi hai scritto e concordo con te su tutto, soprattutto sulla questione dell'aiuto al montaggio, anche se mi sarebbe piaciuto farlo da me, perlomeno in parte.
Riguardo la scheda grafica leggendo le performance in dinamica molecolare pubblicate da schrodinger sembra che la a5000 sia seconda solo alla a100, perciò io vorrei provare ad ottenere una configurazione con la a5000 visto che le operazioni di dinamica solitamente sono quelle che mi fanno perdere più tempo. Oltretutto i test fatti da schrodinger sono su sistemi di circa 100k atomi e in effetti i miei sistemi arrivano quasi al doppio in quantità perciò darei priorità alla scheda grafica per ora, già arrivare a performance di 100ns per day sarebbe un sogno.
Grazie ancora
Antonio

[Q-tony]

Ho fatto qualche ricerca veloce sul sito di Dell e una workstation che potrebbe sforare di poco il budget (già ivato) è la "Precision 5820 Tower"

Intel® Xeon® W-2235 (6c/12t)
Nvidia RTX A5000, 24 GB, 4DP (Precision 7920T, 7820, 5820)
32 GB, 2 x 16 GB, DDR4, 2933 MHz, ECC
Unità a stato solido PCIe NVMe M.2 da 512 GB, classe 40

Togliendo la licenza di Windows e seleziona Ubuntu come OS (anche se poi decidi per la RedHat, così costa meno!) si può aggiungere un NVME da 1Tb ma non aumentare la RAM che rimane a 32Gb. Comprende però una Nvidia RTX A5000. Con questa sei nell'intorno dei 5000€. Considera che la VGA da sola costa come metà della macchina intera e, tra quelle elencate da Schrödinger, è una delle più economiche anche se non la meno costosa.

Ho provato a mettere insieme su Amazon una configurazione alternativa, solo per fare il confronto tra una soluzione commerciale ed una "custom" (ma che, assolutamente, non ti consiglio di assemblare da solo visto il costo dei componenti se non hai nessuna esperienza in merito!). Non ti riporto gli articoli esatti perchè l'ho fatta in fretta, a spanne, e sarebbe da rivedere:

Alimentatore 1000W Seasonic GX-1000 circa 200€
Case ATX di medie dimensioni, di buona qualità. Verificare la compatibilità con scheda madre, dissipatore e lettore DVD! circa 150/200€
Scheda madre TRx40 circa 550€
AMD Ryzen Threadripper 3960x (24c/48t) 1800€
Dissipatore Noctua NH-U14S TR4-SP3, + Ventola aggiuntiva 100€
Kit di memoria RAM Corsair, C16 3200MHz DRAM DDR4 da 128GB (4 x 32GB) € 650
Sabrent SSD Interno 1TB Rocket NVMe PCIe 4.0 M.2 2280 (SB-ROCKET-NVMe4-1TB per partizione root) 150€
SSD NVME interno 2Tb "basse prestazioni (per storage)" 200€
NVIDIA RTX A4000 16GB 1100€

Una macchina del genere, a carrello, mi veniva 4930€ ivata, a cui sarebbero da aggiungere tastiera/mouse/monitor. Però decisamente è un macchina molto diversa dalla Dell vista in precedenza.

Considera che la scheda Nvidia RTX A5000 costa circa 3000€ mentre la A4000 che ho messo qui sono circa 1100€ ed il Threadripper ne costa 1800€... Questo per dire che lavorando su questi due componenti si può modificare moltissimo la configurazione. Se vuoi assolutamente mantenere la A5000 si può costruire la configurazione attorno a quella e probabilmente si riesce a rimanere lo stesso all'interno del budget, con qualche compromesso.

Ciao, qualora tu optassi per la build custom ti posso consigliare come case il Phanteks Enthoo Pro, per le workstation mi sembra perfetto.

Ciao, grazie mille per il contributo, se pensi che sia migliore lo terrò in considerazione sicuramente

[frakka]

Io mi sono beccato qualcosa, ho la febbre e sto in po' steso... Stasera non ci guardo ma intanto tu prova a vedere se trovi qualcosa si interessante anche sul sito di Lenovo magari.

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