Scusa, non ho capito a cosa ti riferisci in riferimento a quanto hai quotato. Intendi dire che i msec sono diversi solo in funzione del taglio delle tracce (sono quindi una posizione relativa) e non la latenza? in questo caso sarebbero del tutto ininfluenti.
La mia perplessità è che - a parità di tutti gli altri fattori - buffer più grandi provochino maggiore cancellazione, mi sarei aspettato l'esatto contrario, eventualmente, per l'effetto di xRuns, ma in effetti si tratta di valori in assoluto alti, probabilmente i fattori sono altri. Sarebbe da investigare.
NOTA BENE: qui quello che cambia sono i bit (stai usando collegamenti asincroni), il tempo è escluso dalla questione. Hai provato a fare una comparaziuone binaria dei files? quante differenze vengono iontrodotte nelle diverse configurazioni?
E' un dato a mio avviso molto importante.
EDIT: Nelle prove fatte SPDIF/SPDIF i files rimanevano IDENTICI, nessun bit cambiato. Cosa succede qui inserendo USB e cambiando il buffer size in ALSA, al di là dell'immancabile e corrsipondente variazione della latenza?
Sarebbe interessante.