Ciao, 46° in idle effettivamente mi sembrano tanti, anche perché hai il mio stesso AIO e il 3700x ha un TDP di 65W esattamente come il mio 5600x, per cui credo che i valori dovrebbero essere più o meno simili.
Controlla di aver attaccato il connettore della pompa dell'AIO all'header giusto, ho dato un'occhiata al manuale della tua motherboard e dovrebbe essere quello etichettato AIO_PUMP (è quello più a destra del gruppo dei 3 sopra gli slot delle RAM).
Verifica anche che nel BIOS quell'header sia impostato su Full-Speed, stando al manuale dovrebbe esserlo di default ma per sicurezza dacci un'occhiata... io sulla mia TomaHawk l'ho dovuto impostare manualmente su DC, di default è PWM.
Te lo dico perché da specifiche la pompa del 240EX dovrebbe girare a 2550 RPM +-10% - quindi non è PWM, altrimenti sarebbe indicato un range come per le ventole del radiatore, che sempre da specifiche girano a 500-1800 RPM +-10% - e infatti da me è così, vedi lo screenshot in questo post (guarda in fondo, è la voce PUMPFAN).
La pasta termica hai lasciato quella già presente sul waterblock o l'hai sostituita? nel secondo caso, quale hai usato e come l'hai applicata?
Inoltre, le ventole del radiatore dell'AIO le attaccherei all'header CPU_FAN e non all'hub, è vero che poi l'hub immagino tu lo abbia collegato a un header impostato in PWM ma a mio parere meglio fare le cose in modo canonico (quel warning che ti dava e che tu hai disabilitato non ce l'hanno messo a caso).

Per quanto riguarda i dischi direi che è tutto a posto, il Sabrent Rocket tiene fede al suo nome e siamo praticamente al massimo delle specifiche.
Lo stesso si può dire del Crucial MX500 (che infatti, nella descrizione che tu stesso hai postato, viene dato per "fino a 560 MB/s" e dal test risulta esattamente quel valore), i cui valori sono molto simili a quello da 1 TB che avevo io nel vecchio PC.
Non so per il P300, non ho idea di quali dovrebbero essere i valori di un HDD meccanico ma ti direi di non darci troppo peso, visto che immagino lo userai solamente come archivio e di conseguenza non ti serve che sia veloce, ti serve che sia affidabile.